Tempestad oscura tiene lugar cinco años después de los hechos acaecidos en Pokémon Colosseum, cuando un gigantesco pokémon oscuro ataca a un navío en mitad del océano, secuestrándolo, un barco que transportaba muchos pokémon oscuros, que, como recordaréis, son pokémon que han perdido sus sentimientos y se muestran agresivos hacia las personas, además de resultar mucho más poderosos que los pokémon benévolos. El objetivo detrás de este ataque parece claro: crear un ejército maléfico para dominar el mundo. El protagonista, un joven entrenador con un gran potencial, y que va siempre acompañado de su Eeve, vive tranquilamente mientras su madre investiga el método para devolver a los pokémon oscuros a su estado natural, pero pronto el laboratorio será atacado, y el joven entrenador deberá empezar una carrera para detener los planes de la malvada organización que se esconde detrás de todos estos hechos.

Como es habitual en la saga, empezaremos acompañados de un único pokémon, en este caso el Eeve al que hacíamos referencia antes, y para aumentar nuestro número de aliados tendremos que localizar los pokémon oscuros que lleven los diferentes entrenadores, para robárselos durante la batalla. Una vez nos hayamos hecho con él, deberemos purificarlo manteniéndolo en nuestro equipo y usándolo en las diferentes batallas, pero también podremos usar la cámara de purificación que simplifica el proceso. Esta cámara es accesible desde cualquier PC que encontremos en el juego, aunque el proceso no se iniciará realmente hasta que no vayamos al cuartel general de investigaciones. En esta cámara podremos purificar hasta nueve pokémon; para ello, los meteremos en un hueco y los rodearemos con cuatro pokémon normales. Toda una serie de variables determinarán cuánto tiempo durará el proceso, aunque por suerte podremos dedicarnos a otras cosas mientras nuestro pokémon son devueltos a la normalidad.

El juego presenta también la opción de conseguir pokémon salvajes, es decir, que no pertenezcan a ningún entrenador, pero la integración de este sistema difiere sustancialmente con respecto a las versiones portátiles. En Tempestad oscura tendremos que dejar cebos para capturar al pokémon salvaje que se sienta atraído; una vez tengamos uno en la zona, nuestro PDA (Pokémon Digital Assistent) nos avisará de que hay un pokémon, y podremos ir hacia allá con la intención de capturarlo. Esto, sin embargo, está limitado a tan sólo tres zonas del juego, lo que restringe bastante su aplicación.

Para ir consiguiendo mayor experiencia en el juego, dado el limitado acceso a pokémon salvajes, podremos enfrentarnos múltiples veces contra los diferentes entrenadores que hay en el juego. Los combates suelen ser de dos contra dos, es decir, de dos pokémon simultáneamente en cada bando de los hasta seis que podemos llevar en nuestro equipo. Las batallas mantienen su accesibilidad y sencillo sistema de juego, de manera que no es necesario ser un experto en la saga para hacerse con el control de manera rápida. Los primeros combates son rápidos y ágiles, pero según progresemos nos iremos encontrando con combates duros, largos, que requieran un planteamiento estratégico más elaborado. Por supuesto, dado que no podemos capturar los pokémon de los entrenadores salvo que sean oscuros, y apenas hay pokémon salvajes, uno de los factores más divertidos de los juegos para portátil, que es ir capturando a los diferentes pokémon luchando contra ellos debilitándolos, pero sin derrotarles, se pierde casi por completo.