Mapa de Johto en los videojuegos.
 

Johto es un área bastante grande (pese a ser la región más pequeña de todos los juegos Pokémon de portátil) situada al oeste de Kanto. Johto y Kanto forman una sola gran masa de tierra, un continente, en el cual al centro y dividiendo ambas regiones se encuentra la Meseta Añil, la Liga Pokémon, el Monte Plateado y las Cataratas Tohjo.
 

Comparte la misma Liga Pokémon con Kanto, solo que con otros miembros del Alto Mando y un nuevo campeón. Johto y Kanto están unidos por el magnetotren mediante tierra y por el S.S. Aqua por vía marina.
 

Al igual que el resto de regiones Johto tiene 8 líderes destacables y aprobados por la Liga Pokémon, si bien se sabe de la existencia de más gracias al anime, donde otros entrenadores muestran medallas diferentes a las entregadas por estos líderes.

#	Líder	Tipo	Lugar	Medalla
1	Pegaso	Volador	Ciudad Malva	Medalla Céfiro
2	Antón	Bicho	Pueblo Azalea	Medalla Colmena
3	Blanca	Normal	Ciudad Trigal	Medalla Planicie
4	Morti	Fantasma	Ciudad Iris	Medalla Niebla
5	Aníbal	Lucha	Ciudad Orquídea	Medalla Tormenta
6	Yasmina	Acero	Ciudad Olivo	Medalla Mineral
7	Fredo	Hielo	Pueblo Caoba	Medalla Glaciar
8	Débora	Dragón	Ciudad Endrino	Medalla Dragón